O Consórcio ELSE está administrado pelos seguintes órgãos de governo:
- CONSELHO DE REITORES, integrado pelos reitores das Universidades participantes ou por aqueles em que eles delegarem sua representação,
- COMISSÃO DIRETIVA, integrada por um representante de cada universidade participante,
- SECRETARIA EXECUTIVA, a cargo da(s) pessoa(s) que o Conselho de Reitores designar para essa função.
O Conselho de Reitores é o máximo órgão de decisão e adota suas resoluções por consenso. Entre as suas incumbências, é o encarregado da aprovação do plano de ação geral anual do Consórcio; da designação da Comissão Diretiva e da Secretaria Executiva; da aprovação do orçamento anual do Consórcio, da prestação de contas e da Memória anual; da aceitação de aderentes segundo as condições estabelecidas oportunamente.
A Comissão Diretiva é responsável de levar adiante os objetivos do Consórcio, definir sua política de ação, analisar e aprovar o atuado pelo(a) Secretário(a) Executivo(a). Encarrega-se também da apresentação frente ao Conselho de Reitores das diversas propostas técnicas: planos de ação, memória e orçamentos anuais. Constam entre as suas incumbências:
a) apresentar relatórios sobre o estado de execução dos projetos,
b) convocar para reuniões extraordinárias do Conselho de Reitores,
c) apresentar ao Conselho de Reitores a memória, o inventário, a conta de gastos e recursos,
d) exercer aquelas ações que lhe corresponderem por delegação do Conselho de Reitores,
e) elaborar as regulamentações internas necessárias para o cumprimento das finalidades, que deverão ser aprovadas pelo Conselho de Reitores,
f) estabelecer os requisitos, procedimentos e controles na acreditação de postos,
g) aprovar a celebração de convênios com terceiras instituições,
h) levar adiante outras funções que lhe asignar o órgão máximo.
A Secretaria Executiva é exercida por uma das universidades do Consórcio durante dois anos, renovável por um período mais. Para exercer a Secretaria Executiva, a universidade escolhida pelo Conselho de Reitores proporá para esse cargo um especialista em ELSE que em caso algum poderá fazer parte de outro órgão de governo. O(a) Secretário(a) Executivo(a) executa as decisões adotadas pelo Conselho de Reitores e a Comissão Diretiva.